ソースコードからのインストール ¶

著者: 稲村泰弘
最終更新日: Jan. 31, 2020

本稿では、Python2環境で動作する空蟬 0.3.x系列に関してのインストールについて記述する。基本的にインストール先のOSに対して root権限 を持っていることが前提である。

また、本稿の対象となるLinuxは以下の通り（RedHat7.x系は別項「CentOS 7 へのインストール」を参照のこと）。

ディストリブーション	バージョン
Ubuntu	14.04, 16.04
RedHat, CentOS, Scientific	6.x

ソースコードからのインストール

概要 ¶

現状、もっともシンプルなのがUbuntu12.04, 14.04でのインストール。おそらくDebianでも動作する。RedHat系では、いくつか個別にソースコードからのビルドが必要であるが、Manyoライブラリ自体はコンパイル用スクリプトのパラメータの変更だけ動作し、インストールの実績もある。

対応装置情報 ¶

BL01	SIK	空蟬基本インストールのみ
BL02	DNA	空蟬基本インストール（＋拡張：アドバンスと調整中）
BL11	HPN	CROSSの岡崎さんによるメンテナンス。空蟬基本インストール＋BL11用コード
BL14	AMR	空蟬基本インストールのみ
BL15	SAS	空蟬基本インストール＋BL15固有コードのインストール
BL17	NVR	空蟬基本インストール（＋拡張：アドバンス所掌）
BL19	ENG	空蟬基本インストール（＋拡張：CROSS伊藤さん所掌）
BL21	NVA	空蟬基本インストール+BL21固有コードのインストール
BL22	NIS	空蟬基本インストール＋BL22固有コードのインストール

インストール手順 ¶

主な流れ：

空蟬環境に必要なライブラリコードのインストール
- Ubuntu 14.04LTS, 16.04LTSの場合
- RedHat 6.x系列の場合

（以降の手順にOS依存なし）

空蟬関連ソースコードの入手
空蟬基本コードのインストール（OS依存なし）
装置固有（拡張）コードインストール（OS依存なし）

インストールされる空蟬環境のフォルダ構造 ¶

空蟬におけるデフォルトのインストール先などは、別項目「空蟬の環境」を参照のこと。参考までに主要なディレクトリ構造を示す。

空蟬環境に必要なライブラリコードのインストール ¶

Manyoライブラリのコンパイルや、空蟬可視化コードを動作させるのに必要なパッケージを一覧に示す。

	パッケージ	必要なバージョン
Manyoライブラリ関連	Python（開発用）	2.7.x
	Mini XML	2.x以上（3.xは不可）
	HDF5	1.8.x
	NeXus	4.2.x以降
	Gnu Scientific Library(GSL)	指定なし
	Boost C++ Library	1.46.x以降
	Manyoライブラリ	0.3以降
Python関連	wxPython	2.8.x
	Numpy	1.6.x以降
	Scipy	0.10.x以降
	matplotlib	1.2.x以降

Ubuntu 14.04 or 16.04の場合¶

基本的なライブラリはすべてバイナリパッケージで配布されているので、以下のようなコマンドを使用して、それぞれのパッケージをインストールするだけである。

sudo apt-get install -y g++
sudo apt-get install -y swig
sudo apt-get install -y python-dev
sudo apt-get install -y python-h5py
sudo apt-get install -y libhdf5-serial-dev
sudo apt-get install -y libmxml-dev
sudo apt-get install -y libgsl0-dev
sudo apt-get install -y libbz2-dev
sudo apt-get install -y libnexus0-dev
sudo apt-get install -y libboost-all-dev
sudo apt-get install -y python-wxgtk2.8
sudo apt-get install -y python-vtk
sudo apt-get install -y python-numpy
sudo apt-get install -y python-scipy
sudo apt-get install -y python-matplotlib

RedHat 6.x 系Linuxの場合¶

必要なパッケージ群のインストールのためにgccなど開発系パッケージが必要である。まず、OS標準のパッケージマネージャを起動する。

システム＞管理＞ソフトゥエアの追加／削除

から起動するソフトウェア上で、

「パッケージのコレクション」＞開発ツール

を選択すること。また、必要なレポジトリとして

epel

の追加が必要である。このレポジトリの追加については、ウェブなどの情報源から得て欲しい。

必要なライブラリのインストール手順概要¶

主な手順としては、

リポジトリからのインストール
それ以外のソフトウェアのコンパイルとインストール

がある。なお、できるだけSLのリポジトリからのインストールを基本とする。2)のために、作業用ディレクトリを準備しておく。その場所はどこでもよいが、筆者はホームディレクトリの下に、以下のように作成している。

$ cd

$ mkdir –p 00install/00sources

今後は、この~/00installディレクトリ内で作業すると仮定する。

OSディストリビューションのレポジトリは常にアップデートされているので、これ以降の記述で必要なバージョンの関係でビルドするコードに対しても、レポジトリからのインストールが可能になるかも知れない。あらかじめ必要なパッケージのバージョンをチェックしておくこと。

万葉ライブラリ関連インストール手順概要¶

ここでインストールするのは、Manyoライブラリをインストールするために必要なソフトウェア（ライブラリ）である。必要なライブラリは以下の通り。

Python-devel
Mini XML
HDF5
NeXus
Gnu Scientific Library (GSL)
Boost C++ library
Manyoライブラリ

また、これらのライブラリのうち、パッケージにないもののインストール先は、MLFソフトウェアとしてのManyoライブラリの標準的なインストール先である

/opt/mlfsoft/manyo

とする。よって、予めインストール先であるディレクトリを以下のように作成すること。

# mkdir –p /opt/mlfsoft/manyo

Python-devel¶

Pythonを利用したコンパイルを必要とするので、Python開発環境( g++, swig, python-devel )が必要である。パッケージシステムを利用して以下のようにインストールする。

$ su -
パスワード：xxxx

# yum install g++ swig python-devel

mini XML¶

mini XMLはmanyoライブラリで必要となる。インストール手順は以下の通り。

ダウンロード先：http://www.minixml.org/
ファイル　　　：mxml-2.7.tar.gz
手順：

$ tar xzvf mxml-2.7.tar.gz
$ cd mxml-2.7
$ ./configure –-enable-shared --prefix=/opt/mlfsoft/manyo
$ make
$ su

パスワード：xxxx
# make install

HDF5¶

HDF5は、NeXusに必要であるが、デフォルトのレポジトリに入っているのでそれを利用する。インストールは以下の通り。

手順：

$ su
パスワード：xxxx
# yum install hdf5-devel

NeXus¶

NeXusのインストールは以下の通り。バージョンは新しいものでも大丈夫である。

ダウンロード先：http://download.nexusformat.org/kits/
ファイル　　　：nexus-4.2.1.tar.gz
手順：

$ tar xzvf 00sources/nexus-4.2.1.tar.gz
$ cd nexus-4.2.1
$ ./configure --without-java --prefix=/opt/mlfsoft/manyo –with-xml=/opt/mlfsoft/manyo
$ make
$ su

パスワード:xxxxx

# make install

GSL¶

Gnu scientific libraryのインストールはSLのリポジトリにある。特にバージョンに関しては問題がない。手順は以下の通り。

手順：

$ su
パスワード:xxxxx
# yum install gsl-devel

Boostライブラリ¶

Boostライブラリは、Manyoライブラリに必須のライブラリ群である。

ダウンロード先：http://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/
ファイル　　　：boost_1_54_0.tar.gz
手順：

$ su –
パスワード：xxxx

コンパイルを行う。

$ tar xzvf boost_1_54_0.tar.gz
$ cd boost_1_54_0
$ ./bootstrap.sh –-prefix=/opt/mlfsoft/manyo
$ ./b2 –-prefix=/opt/mlfsoft/manyo
$ su
パスワード：xxx
# ./b2 –-prefix=/opt/mlfsoft/manyo install

Python関連インストール手順概要¶

ここでインストールするのは、Pythonと密接に関連する、GUIや可視化ツールである。必要なソフトウェアは以下の通り。

wxPython
numpy
scipy
matplotlib

ただし、以下のインストールにはデフォルトで rootの権限 が必要である。 root権限なしの場所へのインストールについては触れない。

wxPython¶

パッケージマネージャの「検索」タブから、wxPythonを検索し、

wxpython-devel

をチェックし、適応を押す。以後、同じ作業を「パッケージマネージャからのインストール」と呼ぶ。もしくは

$ su -
$ yum install wxPython-devel

なお、今後はコマンドラインからのインストールを基本とする。

numpy¶

numpyはSLのパッケージにあるのだが、どれもバージョンが古いので、新しいバージョンのものをソースからコンパイルしてインストールする。手順等は以下の通り。

ダウンロード先： http://sourceforge.net/projects/numpy/files/
ファイル　　　： numpy-1.6.1.tar.gz
手順：

$ su –
パスワード：xxxxx
# yum install lapack-devel
# yum install blas-devel
# exit
$ cd 00install
$ tar xzvf 00sources/numpy-1.6.1.tar.gz
$ cd numpy-1.6.1
$ python setup.py build
$ su
パスワード：xxxxx
# python setup.py install
# exit

scipy¶

scipyもnumpy同様パッケージにあるのだが、バージョンが古いため、新しいバージョンのものをソースからコンパイルしてインストールする。手順は以下の通り。

ダウンロード先：http://sourceforge.net/projects/scipy/files/
ファイル　　　：scipy-0.10.1.tar.gz
手順：

$ tar xzvf 00sources/scipy-0.10.1.tar.gz
$ cd scipy-0.10.1
$ python setup.py build
$ su
パスワード：xxxx
# python setup.py install
# exit

matplotlib¶

matplotlibも、scipy,numpy同様パッケージにあるのだが、バージョンが古いため、新しいバージョンのものをソースからコンパイルしてインストールする。手順は以下の通り。

ダウンロード先：http://sourceforge.net/projects/matplotlib/files/matplotlib/
ファイル　　　：matplotlib-1.0.1.tar.gz
手順：

$ tar xzvf matplotlib-1.0.1.tar.gz
$ cd matplotlib-1.0.1
$ python setup.py build
$ su
パスワード:xxxxx
# python setup.py install
# exit

wxPython, numpy, scipy, matplotlibの動作確認¶

$ python
>>> import numpy
>>> import scipy
>>> import wx
>>> from pylab import *
>>> plot( [1,2,3] )
>>> show()

最後のコマンドで以下のような図が表示されればよい。

空蟬関連ソースコードの入手 ¶

ソースコードはsubversionやgithubなどで管理されているが、一般ユーザーに対してはUbuntu Linux版のインストールパッケージにまとまって入っているので本稿ではそれを利用する。

空蟬ポータルサイトの ダウンロード からUbuntuLinux用をダウンロードする。

これを展開した src ディレクトリにあるので、それを利用する。

$ tar xzvf Utsusemi_0.3.7_200124_Ubuntu_1604_1804LTS_PY2.tar.gz
$ cd Utsusemi_0.3.7_200124_Ubuntu_1604_1804LTS_PY2
$ ls src/
environ-DNA  manyo-DNA     manyo-SAS       python-emaki         python-utsusemi-DNA  python-utsusemi-SAS      version.txt
lib-levmar   manyo-emaki   manyo-TKtools   python-utsusemi      python-utsusemi-ENG  python-utsusemi-SIK
manyo-core   manyo-levmar  manyo-utsusemi  python-utsusemi-AMR  python-utsusemi-HPN  python-utsusemi-TKtools

空蟬基本コードのインストール ¶

空蟬基本コードは、

万葉ライブラリC++コード
空蟬基本C++コード
空蟬基本Pythonコード

が存在し、それぞれ、コンパイルやコピーでインストールする。

この基本コードは装置固有の情報が含まれていないので、実際の使用には次項の「装置専用空蟬コードのインストール」が必要であることに注意。

Manyoライブラリ（C++コード）のコンパイルとインストール¶

万葉ライブラリコアコード( src/manyo-core )および空蟬のC++コード( src/manyo-utsusemi )をコンパイル・インストールする。それらのフォルダにあるコンパイルスクリプトを用いて、万葉ライブラりと空蟬のコンパイルとインストールを行うのがもっとも簡単である。

$ ls src/manyo-core/do_make_Manyo.py
src/manyo-core/do_make_Manyo.py

$ ls src/manyo-utsusemi/do_make_Utsusemi.py
src/manyo-utsusemi/do_make_Utsusemi.py

書式とパラメータは以下のとおり。

$ python do_make_Manyo.py <command> [<option> <option> ...]
$ python do_make_Utsusemi.py <command> [<option> <option> ...]

do_make_Manyo.py / do_make_Utsusemi.py <command> [<option> <option> ...]
command	make	コンパイルを行う
	install	コンパイル＋インストールを行う
	clean	make cleanを行う
	man	helpを作成するスクリプトを実行する
	depend	コンパイル時に必要な情報を収集する（普段は使用しない）
option	--help	ヘルプ表示
	--manyo-path=<path>	MANYO_PATHを指定する (通常は/opt/mlfsoft/manyo)
	--dist-name=<name>	Linuxディストリビューションの指定 ( "RH6" "RH7" "Ubuntu" )
	--pyver=n.m	使用するPythonのバージョンの指定。省略時はスクリプト実行に使用したPythonのバージョン。
	--numth=n	マルチスレッド処理の数の指定
	--without-para	コンパイルのパラレル処理を行わない。指定しない場合、高速に処理されるがメモリを大量に消費（数GB）するので注意。
	--debug	デバッグモード
	--ver=<version>	バージョンの指定（表記の問題なので不要）
	--without-depend	コンパイル時に必要な情報を収集する手順を省く。これにより高速化するが必ず１度は実施する必要があるので使用しないこと。
	--other-modules=<mod>[,<mod>,..]	他のモジュールに依存する場合に使用する。 <mod>はモジュール名。

万葉ライブラリ　コアコードのインストール¶

万葉ライブラリ　コアコードを以下のようにインストールする。C++コードがコンパイルされ、ライブラリがインストールされる。

$ cd manyo-core
$ make clean;
$ python do_make_Manyo.py --manyo-path=/opt/mlfsoft/manyo --dist-name=RH6 install

空蟬基本C++コードのインストール¶

空蟬の万葉ライブラリ用コードを以下のようにインストールする。C++コードがコンパイルされ、ライブラリがインストールされる。

$ cd manyo-utsusemi
$ make clean;
$ python do_make_Utsusemi.py --manyo-path=/opt/mlfsoft/manyo --dist-name=RH6 install

空蟬基本Pythonコードのインストール¶

空蟬のPythonコードをインストールする。実際には所定のフォルダをコピーするだけである。

$ cp -r  python-utsusemi /opt/mlfsoft

装置専用空蟬コードのインストール ¶

それぞれの装置に対して、空蟬基本コードを拡張するコードが必要である。

BL	C++コード	Pythonコード	インストール先
BL01	なし	python-utsusemi-SIK	python-utsusemi/SIK
BL02	manyo-DNA（詳細は後述）	python-utsusemi-DNA	python-utsusemi/DNA
BL11	なし	python-utsusemi-HPN	python-utsusemi/HPN
BL14	なし	python-utsusemi-AMR	python-utsusemi/AMR
BL15	manyo-SAS（詳細は後述）	python-utsusemi-SAS	python-utsusemi/SAS
BL17	BL15と同じ（詳細は後述）	python-utsusemi-VNR	python-utsusemi/VNR
BL19	manyo-Emaki	なし

BL01, BL11, BL14の場合¶

これらのビームライン用のコードは、pythonコードだけであるので、以下のようにコードをコピーする。使用する環境に応じて必要なコードをコピーすれば良い。

$ cp -r python-utsusemi-SIK /opt/mlfsoft/python-utsusemi/SIK   # for BL01
$ cp -r python-utsusemi-AMR /opt/mlfsoft/python-utsusemi/AMR   # for BL14
$ cp -r python-utsusemi-HPN /opt/mlfsoft/python-utsusemi/HPN   # for BL11

BL15, BL17の場合¶

BL15は、専用の万葉ライブラリ用のコード(C++)のコンパイル・インストールが必要である。

BL17は基本BL15の環境を利用するので、BL15のインストールののち、装置専用のPythonコードをインストールする。

万葉ライブラリ用コード¶

空蟬の万葉ライブラリコードと同じである。インストール先などのパラメータも一致させること。

$ cd manyo-SAS
$ make clean;
$ python do_make_Utsusemi.py --manyo-path=/opt/mlfsoft/manyo --dist-name=RH7 install

Pythonコードのインストール（コピー）¶

空蟬のPythonコードをインストール（コピー）する。

$ cp -r  python-utsusemi-SAS /opt/mlfsoft/python-utsusemi/SAS  # BL15及びBL17
$ cp -r  python-utsusemi-VNR /opt/mlfsoft/python-utsusemi/VNR. # BL17

BL19の場合¶

BL19は、専用の万葉ライブラリ用のコード(C++)のコンパイル・インストールが必要である。

万葉ライブラリ用コード¶

空蟬の万葉ライブラリコードと同じである。インストール先などのパラメータも一致させること。

$ cd manyo-Emaki
$ make clean;
$ python ../do_make_Utsusemi.py --manyo-path=/opt/mlfsoft/manyo install

BL02の場合¶

Under Construction

環境変数を設定¶

空蟬の環境変数設定は、装置ごとに異なる。よって使用する装置に応じて設定を行う必要がある。基本的な設定はそれぞれの装置のPythonコードのフォルダに存在する bashrc.XXX （XXXは装置コード）に収められている。

/opt/mlfsoft/python-utsusemi/SIK/bashrc.SIK
/opt/mlfsoft/python-utsusemi/SAS/bashrc.SAS
など

# Utsusemi software environment
# (2018.03.30)

# BL info
XXX=SIK
BL=BL01

# Path to MLF Software
MLFSOFT_PATH=/opt/mlfsoft
...

仮にインストール先が /opt/mlfsoft でない場合は、このファイルの MLFSOFT_PATH 環境変数の設定を変えること。

これらの設定を有効にするには、空蟬を使用するユーザーのホームフォルダ直下の環境設定用ファイル .bashrc に bashrc.XXX をそのまま追記するか、以下のように source コマンドで空蟬の環境設定用ファイルを実行する。

$ source /opt/mlfsoft/python-utsusemi/XXX/bashrc.XXX

おすすめは、.bashrcに以下のような設定を、それぞれの装置ごとに追加することである。

# For Utsusemi environment SIK
if [ -f /opt/mlfsoft/python-utsusemi/SIK/bashrc.SIK ]; then
    alias SIK="source /opt/mlfsoft/python-utsusemi/SIK/bashrc.SIK"
fi

# For Utsusemi environment SAS
if [ -f /opt/mlfsoft/python-utsusemi/SAS/bashrc.SAS ]; then
    alias SAS="source /opt/mlfsoft/python-utsusemi/SAS/bashrc.SAS"
fi

この設定では装置コード"SIK"と"SAS"の空蟬パッケージがインストールされたことを意味する。またこれが設定されている場合、

$ SIK

や

$ SAS

といったコマンドで装置に応じた環境を設定・切り替えることが可能となる。

Ubuntu 14.04 or 16.04の場合¶

RedHat 6.x 系Linuxの場合¶

必要なライブラリのインストール手順概要¶

万葉ライブラリ関連インストール手順概要¶

Python-devel¶

mini XML¶

HDF5¶

NeXus¶

GSL¶

Boostライブラリ¶

Python関連インストール手順概要¶

wxPython¶

numpy¶

scipy¶

matplotlib¶

wxPython, numpy, scipy, matplotlibの動作確認¶

Manyoライブラリ（C++コード）のコンパイルとインストール¶

万葉ライブラリ コアコードのインストール¶

空蟬基本C++コードのインストール¶

空蟬基本Pythonコードのインストール¶

BL01, BL11, BL14の場合¶

BL15, BL17の場合¶

万葉ライブラリ用コード¶

Pythonコードのインストール（コピー）¶

BL19の場合¶

万葉ライブラリ用コード¶

BL02の場合¶

環境変数を設定¶

万葉ライブラリ　コアコードのインストール¶