インストール後の動作確認

動作の確認を行う。基本的には、Python上での各モジュールのインポートがうまく行けばよい。

Python上でのimportチェック

pythonのインタプリタ（コマンドライン）上で、いくつかの基本コンポーネントを実際に読み込んでみる。ターミナル上で、pythonと打ち、以下のように読み込みを行う。

$ python
>>> import Manyo
>>> import Manyo.Utsusemi

以下は、環境に合わせて試行してみる。

>>> import DR
>>> import Cmm
>>> import VisualModule

これらの動作で、エラーが出なければよい。何かエラーが出たら、設定が何か間違っている可能性がある。インストールの流れにそって自分で確認するか、 下記のように担当者へ連絡すること。

空蟬がうまく動作しないとき

どうしても動作しない理由がわからない場合は、担当者へ連絡してください。その際、下記の情報をいっしょに送っていただけると解決が早くなります。

  • 何のコマンド（動作）を使用とした時か

  • コマンド実行時にターミナルに流れたログ

  • パスの確認（下記のコマンドの実行結果）

$ printenv

  • 解析モジュールの個別実行の確認（下記のコマンドの実行結果）

$ python
>>> import Manyo
>>> import DR
>>> import Cmm
>>> import VisualModule

ソフトウェアの個別チェック

MPlotの起動

$ python
>>> import vis.MPlot as mp
Manyo>>> p=mp.MPlot()
Manyo>>>

図のように空のMPlotが起動するはずである。

図：空のMPlot

image1

さらに続けて

Manyo>>> import Manyo as mm
Manyo>>> ec = mm.ElementContainer()
Manyo>>> ec.Add(“x”,[1,2,3,4,5])
Manyo>>> ec.Add(“y”,[2,4,1,2])
Manyo>>> ec.Add(“e”,[1,2,0.5,1])
Manyo>>> ec.SetKeys(“x”,”y”,”e”)
Manyo>>> p.AddData(ec)
Manyo>>>

ここで、先ほどのプロッタに下図のようにグラフが載ることが確認できるだろう。 なお、Pythonのコマンドラインから抜け出るにはControl+Dである。

図：MPlotテスト

image2

ダミーのヒストグラムデータ作成

$ python
>>> import Cmm
Manyo>>> dat = Cmm.GetNeunetHist(“0”)

（いろいろなログ）

UtsusemiEventDataConverterTemplate >> AllocateGslHist :total_pixels = 25600
UtsusemiEventDataConverterNeunet >> Create Bank Info
UtsusemiEventDataConverterNeunet >> >> Cost of time=3846422

Manyo>>>

もしエラーが出ていないようなら、datという変数に作成されたダミーデータ（全強度が１のデータ）が入っているはずである。そこで、PSD-ID=0の1つめのPixelのデータの中身を見てみる。下記のように表示されれば問題ない。

Manyo>>> dat(0,0).Dump(10)
*** header object start
***Int4Map***
Index Key Value
0 PSDID 0
1 MASKED 0
2 PIXELID 0

***DoubleMap***
Index Key Value
0 TotalCounts 0
1 PixelSolidAngle 5.26481e-05

***StringMap***
Index Key Value
0 Label 0

***Int4VectorMap***
Index Key Size Value

***DoubleVectorMap***
Index Key Size Value
0 PixelPosition 3 [ 1456.3,1301.5,2054.63 ]
1 PixelPolarAngle 2 [ 43.5492,0.480352 ]
2 PixelAzimAngle 2 [ 41.7873,0.57766 ]

***StringVectorMap***
Index Key Size Value

*** header object end

The number of vectors is 3

x key = TOF
y key = Intensity
e key = Error

Index Key Size Unit Values
0 Error 399 None [ 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 ,..... ]
1 Intensity 399 None [ 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 ,..... ]
2 TOF 400 microsecond [ 0,100,200,300,400,500,600,700,800,900 ,.....]
Manyo>>>

Sequencerの起動

Sequencerからのコマンドの実行は、コマンドラインからのソフトウェアの呼び出しができていれば、ほぼ問題ないはずである。シーケンサの起動は、以下のように、Anaと打てばよい。起動するかどうか確認すること。

$ Ana

Anaは、インストール時に~/.bashrc内にて定義されている。もし起動しなかったときは、インストールのどこかで失敗している可能性がある。直接Sequencerを起動するには

$ python /opt/mlfsoft/python-utsusemi/ana/Sequencer.py &

と打つ。もし、インストール先を変更していれば、「MLF (Utsusemi) software」で設定したディレクトリを/opt/mlfsoftの代わりに用いること。

実際の解析に向けたデータなどの配置

RAWデータ（イベントデータ）は、フォルダ単位で移動すること。このフォルダは、例えば”SIK000373_20091121”と表される

XXX######_yyyymmdd　（XXX：装置コード、######：RunNo、yyyymmdd：日時）

というネーミングがされている。解析に必要なデータは

/data/XXX

の下へコピー、または移動させておくこと。ただし、インストール先を変更していれば、そちらのディレクトリを指定すること。

（今後も追記予定）