CentOS 7 へのインストール ¶

著者: 稲村泰弘
最終更新日: Dec. 16, 2020

CentOS 7 へのインストール

ここでは、CentOS 7.9におけるPython3環境上に空蟬4をインストールする手順の例を示す。

環境構築 ¶

空蟬のインストールに必要となるgccなど開発系パッケージや、各種ライブラリのパッケージを導入するために新たなレポジトリの登録が必要である。

作業	内容
CentOS開発環境の構築	開発ツールのグループパッケージ導入
追加のレポジトリ	epelレポジトリの追加
その他必要なツール類	cmake, doxygen, swig3 の導入

よって、以下のコマンドで上記の導入を行う。

$ su -
# yum groupinstall base 'Development tools' --setopt=group_package_types=mandatory,default,optional
# yum install epel-release
# yum install cmake doxygen

また、C++コードをPython3から呼び出すためのラッパーツールであるSWIGを用いているが、CentOSに入っているバージョン(swig 2.0.x)ではPython3での万葉ライブラリにおいていくつか不具合が生じる（ElementContainer同士の割り算ができない）ため、 SWIG3(swig 3.0.x) に置き換える必要がある。

$ su -
# yum erase swig
# yum install swig3

空蟬環境に必要な外部ライブラリのインストール ¶

Manyoライブラリのコンパイルや、空蟬可視化コードを動作させるのに必要な外部ライブラリ及び、CentOS7におけるパッケージの情報を下記の一覧に示す。

Python3関連で必要となるライブラリは、未だデフォルトのパッケージでは提供されていない（Python3用matplotlibなど）ために、 pipを用いてインストールすることに注意。

	ライブラリ	必要なバージョン	CenOS 7.9で使用可能なパッケージ
Manyoライブラリ関連（C++コード）	Python3	3.6以降	python3-devel
	Mini-XML	2.7以降3.0未満	（不使用：理由は後述）
	HDF5	1.8.x	hdf5-devel
	NeXus	4.2.x以降	（存在せず）
	Gnu Scientific Library(GSL)	指定なし	gsl-devel
	Boost C++ Library	1.46.x以降	boost-devel
	Open SSL	指定なし	openssl-devel
Python関連（GUI関連）	PySide	1.2.x	python3-pip + pyside2
	Numpy	1.6.x以降	python3-pip + numpy(pip)
	Scipy	0.10.x以降	python3-pip + scipy(pip)
	matplotlib	1.0.x以降	python3-pip + matplotlib(pip)

以上のうち、パッケージで存在するライブラリを導入する。

$ su -
# yum install python3-devel hdf5-devel gsl-devel boost-devel openssl-devel
# yum install python36-pip
# pip3 install -U pip
# python3 -m pip install pyside2
# python3 -m pip install numpy matplotlib scipy

mini-XMLはパッケージがあるがNeXusと不整合があるためにソースからコンパイルする必要がある。またNeXusはパッケージが存在しない。これらに関しては、次のインストール手順で示す。

インストール手順 ¶

インストール先の作成¶

本マニュアルでは、

/opt/mlfsoft/

をインストール先とする。すなわちこのフォルダの下に以下のような万葉ライブラリや空蟬パッケージのフォルダが置かれる。

/opt/mlfsoft/manyo
/opt/mlfsoft/python-utsusemi
/opt/mlfsoft/uGao

インストール作業を簡略化するために、このフォルダの所有者を作業者のアカウント（本マニュアルでは hoge）とする。

$ su -
# mkdir -p /opt/mlfsoft/
# chown hoge.hoge -R /opt/mlfsoft

万葉ライブラリに必要となるライブラリ（本マニュアルでは別途ビルドするNeXusライブラリ）は、万葉ライブラリのローカルフォルダにインストールする。

残りのライブラリのインストール¶

mini-xml¶

mini-xml は、epelのパッケージで存在するものの、APIが大きく変わってしまったバージョンである3.0が提供されている。3.0では万葉ライブラリのコンパイルが不可能であることを確認している。そこで、少し前のバージョンのソースコードをダウンロードする。

ダウンロード先 : https://github.com/michaelrsweet/mxml/releases

バージョン : v2.7以上（2.8 〜 2.12のどれでも良い）

コンパイル手順¶

$ tar xzvf mxml-2.8.tar.gz
$ cd mxml-2.8
$ ./configure --prefix=/opt/mlfsoft/manyo
$ make install

NeXus¶

NeXus はコードをダウンロードする。

ダウンロード先 : https://github.com/nexusformat/code/releases

ファイル : v4.4.3.tar.gz （最新版でも大丈夫と思われる）

コンパイル手順¶

下記の通り。インストール先は /opt/mlfsoft/manyoを指定。ただし、CentOSでは64bitのライブラリは lib64 というフォルダに入れられるため、万葉ライブラリでのデフォルトである lib にコピーする。また include/nexus の中身も include に移す。

$ tar xzvf code-4.4.3.tar.gz
$ cd code-4.4.3
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/mlfsoft/manyo ..
$ make
$ make install
$ mkdir /opt/mlfsoft/manyo/lib
$ cp /opt/mlfsoft/manyo/lib64/* /opt/mlfsoft/manyo/lib
$ cp /opt/mlfsoft/manyo/include/nexus/* /opt/mlfsoft/manyo/include/

PySide, numpy, scipy, matplotlibの動作確認¶

$ python
>>> import numpy
>>> import scipy
>>> import PySide

空蟬インストール手順 ¶

万葉ライブラリコアコード
夕顔コード
空蟬基本コード
空蟬装置専用コード

準備 ¶

ソースコード¶

ソースコードは、subversionやgithubなどで管理されているが、Ubuntu Linux版のインストールパッケージにまとまって入っているのでそれを利用する。

空蟬ポータルサイトの ダウンロード から空蟬4のUbuntuLinux用をダウンロードする。

これを展開した src ディレクトリにあるので、それを利用する。

$ tar xzvf Utsusemi_4.0_201112_Ubuntu_1604_2004LTS_PY3.tar.gz
$ cd Utsusemi_4.0_201112_Ubuntu_1604_2004LTS_PY3
$ ls -F
Install.py src/
$ ls -F src/
environ-DNA/                manyo-DNA/              manyo-SAS/              manyo-core/             manyo-utsusemi/         python-ugao/            version.txt
lib-levmar/         manyo-LevmarTools/      manyo-TKtools/          manyo-emaki/            python-emaki/           python-utsusemi/

C++コードのコンパイルスクリプト¶

C++のフォルダに入っているスクリプト（do_make_Manyo.pyやdo_make_Utsusemi.py）を利用してインストールを行うのが簡単である。

書式とパラメータは以下のとおり。

$ python do_make_Manyo.py <command> [<option> <option> ...]
$ python do_make_Utsusemi.py <command> [<option> <option> ...]

do_make_Manyo.py / do_make_Utsusemi.py <command> [<option> <option> …]
command	make	コンパイルを行う
	install	コンパイル＋インストールを行う
	clean	make cleanを行う
	man	helpを作成するスクリプトを実行する
	depend	コンパイル時に必要な情報を収集する（普段は使用しない）
option	–help	ヘルプ表示
	–manyo-path=<path>	MANYO_PATHを指定する (通常は/opt/mlfsoft/manyo)
	–dist-name=<name>	Linuxディストリビューションの指定 ( “RH6” “RH7” “Ubuntu” )
	–pyver=n.m	使用するPythonのバージョンの指定。省略時はスクリプト実行に使用したPythonのバージョン。
	–numth=n	マルチスレッド処理の数の指定
	–without-para	コンパイルのパラレル処理を行わない。指定しない場合、高速に処理されるがメモリを大量に消費（数GB）するので注意。
	–debug	デバッグモード
	–ver=<version>	バージョンの指定（表記の問題なので不要）
	–without-depend	コンパイル時に必要な情報を収集する手順を省く。これにより高速化するが必ず１度は実施する必要があるので使用しないこと。
	–other-modules=<mod>[,<mod>,..]	他のモジュールに依存する場合に使用する。 <mod>はモジュール名。

万葉ライブラリコアコードのインストール ¶

万葉ライブラリコアコードを以下のようにインストールする。C++コードがコンパイルされ、ライブラリがインストールされる。

$ cd manyo-core
$ make clean;
$ python do_make_Manyo.py --manyo-path=/opt/mlfsoft/manyo --dist-name=RH7 install

夕顔コードのインストール ¶

夕顔はPythonコードのみで構成されている。インストール先のフォルダにコピーするだけである。

$ cp -r python-ugao /opt/mlfsoft/
$ ls -F /opt/mlfsoft
manyo/ python-ugao/
$ ls -F /opt/mlfsoft/python-ugao
uGao/

空蟬基本コードのインストール ¶

万葉ライブラリ用コード¶

空蟬の万葉ライブラリ用コードを以下のようにインストールする。C++コードがコンパイルされ、ライブラリがインストールされる。

$ cd manyo-utsusemi
$ make clean;
$ python do_make_Utsusemi.py --manyo-path=/opt/mlfsoft/manyo --dist-name=RH7 install

空蟬のPythonコードのインストール¶

空蟬のPythonコードをインストールする。実際には所定のフォルダをコピーするだけである。

$ cp -r  python-utsusemi /opt/mlfsoft
$ ls -F /opt/mlfsoft
manyo/ python-ugao/ python-utsusemi/
$ ls -F /opt/mlfsoft/python-utsusemi
utsusemi/
$ ls -F /opt/mlfsoft/python-utsusemi/utsusemi
AMR/ DNA/ ENG/ HPN/ SAS/ SIK/ TKtools/ __init__.py ana/ facade/ scripts/ vis/

また、それぞれの装置に対して空蟬基本コードを拡張するコードが必要であるが、上記のコピーでそれらは既にコピーされている。

ただし、いくつかの装置は下記のように、万葉ライブラリ用のC++コードを別途インストールする必要があるが、それぞれのBLごとのインストール方法は後述する。

BL	万葉ライブラリ用コード	Pythonコードインストール先
BL01	なし	python-utsusemi/utsusemi/SIK
BL02	manyo-DNA（詳細は後述）	python-utsusemi/utsusemi/DNA
BL11	なし	python-utsusemi/utsusemi/HPN
BL14	なし	python-utsusemi/utsusemi/AMR
BL15	manyo-SAS（詳細は後述）	python-utsusemi/utsusemi/SAS
BL17	BL15と同じ（詳細は後述）	python-utsusemi/utsusemi/VNR
BL19	manyo-Emaki

BL01, BL11, BL14の場合¶

これらのビームライン用のコードは、pythonコードだけであるので、特に作業は生じない。

BL15, BL17の場合¶

BL15は、専用の万葉ライブラリ用のコード(C++)のコンパイル・インストールが必要である。

BL17は基本BL15の環境を利用するので、BL15のインストールを行った後であれば使用可能である。

万葉ライブラリ用コード¶

空蟬の万葉ライブラリコードと同じである。インストール先などのパラメータも一致させること。

$ cd manyo-SAS
$ make clean
$ python do_make_Utsusemi.py --manyo-path=/opt/mlfsoft/manyo --dist-name=RH7 install

空蟬のPythonコードは既にインストール（コピー）されているので特に作業はない。

BL02の場合¶

BL02においては、独自の計算用関数（C++）が導入されているので、それらに必要なライブラリを個別にインストールする必要がある。

必要なC++ライブラリ

必要なバージョン

CenOS 7.9で使用可能なパッケージ

Manyoライブラリ関連

（C++コード）

blas

指定なし

blas-devel

lapack

指定なし

lapack-devel

levmar

2.5

（存在せず）

万葉ライブラリ用C++コード¶

levmarコードのコンパイルに必要な、blasおよびlapackのパッケージインストールを行う。

$ su -
# yum install lapack-devel blas-devel
# exit

続けてlevmarライブラリをコンパイルし、出来上がったlibファイルを万葉ライブラリと同じ場所へコピーする。

$ cd Utsusemi-DNA/lib-levmar/2.5
$ make
$ cp liblevmar.* /opt/mlfsoft/manyo/lib
$ cp *.h /opt/mlfsoft/manyo/include/

さらにlevmarライブラリを使用するDNA用関数群（万葉ライブラリの一部として）をコンパイルする。

$ cd ../../manyo-LevmarTools/
$ python3 do_make_Utsusemi.py --manyo-path=/opt/mlfsoft/manyo --dist-name=RH7 install
$ cd ../manyo

最後にDNA用のC++コードをコンパイルする。

$ python3 do_make_Utsusemi.py --manyo-path=/opt/mlfsoft/manyo --dist-name=RH7 install

なお、前述のようにPythonコードのインストールは既に行っているので不要である。

最後にDNA専用の環境設定を行う。DNA用のコマンドなどを $(HOME)/ana/DNAとしてコピー、もしくはリンクを作成する。

$ mkdir -p ~/ana/xml
$ mkdir -p ~/ana/tmp
$ cp -r $(pwd)/environ-home/ana ~/ana/DNA
もしくは
$ ln -s $(pwd)/environ-home/ana ~/ana/DNA

BL19の場合¶

Under Construction

環境変数を設定 ¶

空蟬の環境変数設定は、装置ごとに異なる。よって使用する装置に応じて設定を行う必要がある。基本的な設定はそれぞれの装置のPythonコードのフォルダに存在する bashrc.py3.XXX （XXXは装置コード）に収められている。

/opt/mlfsoft/python-utsusemi/SIK/bashrc.py3.SIK
/opt/mlfsoft/python-utsusemi/SAS/bashrc.py3.SAS
など

# Utsusemi software environment
# (2021.02.08)

# Utsusemi Environment
export UTSUSEMI_INST_CODE=SIK
export UTSUSEMI_DATA_DIR=/data
export UTSUSEMI_USR_DIR=${UTSUSEMI_USR_DIR-${HOME}}
export UTSUSEMI_WORK_DIR=${UTSUSEMI_USR_DIR}
export UTSUSEMI_LOG_QUIET=n
export UTSUSEMI_MULTH=8
export UTSUSEMI_DEBUGMODE=n

# Path to MLF Software
MLFSOFT_PATH=/opt/mlfsoft

...

仮にインストール先が /opt/mlfsoft でない場合は、このファイルの MLFSOFT_PATH 環境変数の設定を変えること。

これらの設定を有効にするには、空蟬を使用するユーザーのホームフォルダ直下の環境設定用ファイル .bashrc に bashrc.py3.XXX をそのまま追記するか、以下のように source コマンドで空蟬の環境設定用ファイルを実行する。

$ source /opt/mlfsoft/python-utsusemi/XXX/bashrc.py3.XXX

おすすめは、.bashrcに以下のような設定を、それぞれの装置ごとに追加することである。

# For Utsusemi environment SIK
if [ -f /opt/mlfsoft/python-utsusemi/SIK/bashrc.py3.SIK ]; then
    alias SIK="source /opt/mlfsoft/python-utsusemi/SIK/bashrc.py3.SIK"
fi

# For Utsusemi environment SAS
if [ -f /opt/mlfsoft/python-utsusemi/SAS/bashrc.py3.SAS ]; then
    alias SAS="source /opt/mlfsoft/python-utsusemi/SAS/bashrc.py3.SAS"
fi

この設定では装置コード”SIK”と”SAS”の空蟬パッケージがインストールされたことを意味する。またこれが設定されている場合、以下のようの装置コードを入力することで、それぞれの装置の環境に切り替えることが可能となる。

BL01の場合

$ SIK

BL15の場合

$ SAS

環境変数について¶

空蟬の動作に関わる環境変数は以下の通りである。

環境変数	説明	値
UTSUSEMI_INST_CODE	対象となる装置コード	装置コード
UTSUSEMI_DATA_DIR	Raw Dataの置き場所（この下に装置コードのフォルダ(“SIK”,”AMR”)が並び、それらの下にRunNoごとのデータフォルダが並ぶ	フォルダパス
UTSUSEMI_USR_DIR	ユーザーのベースフォルダ。いくつかの設定ファイルやテンポラリファイルが作成される	フォルダパス
UTSUSEMI_WORK_DIR	作業フォルダ（一部のアプリのみ使用）	フォルダパス
UTSUSEMI_LOG_QUIET	処理中のログを減らす	y/n
UTSUSEMI_MULTH	マルチスレッドで動作する処理のスレッド数を指定する（仮に大きな値を入れてもCPUの個数よりは大きくならない）	正の整数
UTSUSEMI_DEBUGMODE	デバッグモード	y/n

CentOS 7 へのインストール ¶

環境構築 ¶

空蟬環境に必要な外部ライブラリのインストール ¶

インストール手順 ¶

インストール先の作成¶

残りのライブラリのインストール¶

mini-xml¶

コンパイル手順¶

NeXus¶

コンパイル手順¶

PySide, numpy, scipy, matplotlibの動作確認¶

空蟬インストール手順 ¶

準備 ¶

ソースコード¶

C++コードのコンパイルスクリプト¶

万葉ライブラリコアコードのインストール ¶

夕顔コードのインストール ¶

空蟬基本コードのインストール ¶

万葉ライブラリ用コード¶

空蟬のPythonコードのインストール¶

BL01, BL11, BL14の場合¶

BL15, BL17の場合¶

万葉ライブラリ用コード¶

BL02の場合¶

万葉ライブラリ用C++コード¶

BL19の場合¶

環境変数を設定 ¶

環境変数について¶

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