============================================ CentOS 7 へのインストール ============================================ :著者: 稲村 泰弘 :最終更新日: May. 8, 2019 .. contents:: 目次 :depth: 3 空蟬 0.3.x系 (python 2) ======================== ---------- 環境構築 ---------- 空蟬のインストールに必要となるgccなど開発系パッケージや、各種ライブラリのパッケージを導入するために新たなレポジトリの登録が必要である。 +----------------------------+----------------------------------+ |作業 |内容 | +============================+==================================+ |CentOS開発環境の構築 |開発ツールのグループパッケージ導入| +----------------------------+----------------------------------+ |追加のレポジトリ |epelレポジトリの追加 | +----------------------------+----------------------------------+ |その他必要なツール類. |cmake, doxygenの導入 | +----------------------------+----------------------------------+ よって、以下のコマンドで上記の導入を行う。 :: $ su - # yum groupinstall 'Development tools' # yum install epel-release # yum install cmake doxygen ----------------------------------------------- 空蟬環境に必要な外部ライブラリのインストール ----------------------------------------------- Manyoライブラリのコンパイルや、空蟬可視化コードを動作させるのに必要な外部ライブラリ及び、CentOS7におけるパッケージの情報を下記の一覧に示す。 +-----------------------+-------------------------------+--------------------+---------------------------------------+ | | ライブラリ | 必要なバージョン |CenOS 7.5で使用可能なパッケージ | +=======================+===============================+====================+=======================================+ | | Python | 2.7.x |python-devel | | +-------------------------------+--------------------+---------------------------------------+ | Manyoライブラリ関連 | Mini XML | 2.7以降 |mxml-devel | | +-------------------------------+--------------------+---------------------------------------+ |（C++コード） | HDF5 | 1.8.x |hdf5-devel | | +-------------------------------+--------------------+---------------------------------------+ | | NeXus | 4.2.x以降 |なし | | +-------------------------------+--------------------+---------------------------------------+ | | Gnu Scientific Library(GSL) | 指定なし |gsl-devel | | +-------------------------------+--------------------+---------------------------------------+ | | Boost C++ Library | 1.46.x以降 |boost-devel | +-----------------------+-------------------------------+--------------------+---------------------------------------+ | Python関連 | wxPython | 2.8.x |wxPython | | +-------------------------------+--------------------+---------------------------------------+ |（GUI関連） | Numpy | 1.6.x以降 |numpy | | +-------------------------------+--------------------+---------------------------------------+ | | Scipy | 0.10.x以降 |scipy | | +-------------------------------+--------------------+---------------------------------------+ | | matplotlib | 1.0.x以降 |python-matplotlib（だが使えない：後述）| +-----------------------+-------------------------------+--------------------+---------------------------------------+ 以上のうち、パッケージで存在するライブラリを導入する。 :: $ su - # yum install python-devel mxml-devel hdf5-devel gsl-devel boost-devel # yum install wxPython numpy scipy 残りの NeXusとmatplotlibに関しては、インストール手順で示す。 ----------------------------------------------- インストール手順 ----------------------------------------------- インストール先の作成 --------------------- 本マニュアルでは、 :: /opt/mlfsoft/ をインストール先とする。すなわちこのフォルダの下に :: /opt/mlfsoft/manyo /opt/mlfsoft/python-utsusemi /opt/mlfsoft/uGao などの万葉ライブラリや空蟬パッケージが並ぶことになる。 インストール作業を簡略化するために、このフォルダの所有者を作業者のアカウント（本マニュアルでは hoge）とする。 :: $ su - # mkdir -p /opt/mlfsoft/ # chown hoge.hoge -R /opt/mlfsoft 万葉ライブラリに必要となるライブラリ（本マニュアルでは別途ビルドするNeXusライブラリ）は、万葉ライブラリのローカルフォルダにインストールする。 残りのライブラリのインストール ------------------------------- ^^^^^^^^^^^^^^^^ NeXus ^^^^^^^^^^^^^^^^ NeXus はコードをダウンロードする。 ダウンロード先：https://github.com/nexusformat/code/releases ファイル：v4.4.3.tar.gz （最新版でも大丈夫と思われる） コンパイル手順 ^^^^^^^^^^^^^^^^ 下記の通り。インストール先は /opt/mlfsoft/manyoを指定。ただし、CentOSでは64bitのライブラリは *lib64* というフォルダに入れられるため、万葉ライブラリでのデフォルトである *lib* にコピーする。また *include/nexus* の中身も *include* に移す。 :: $ tar xzvf code-4.4.3.tar.gz $ cd code-4.4.3 $ mkdir build $ cd build $ cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/mlfsoft/manyo .. $ make $ make install $ mkdir /opt/mlfsoft/manyo/lib $ cp /opt/mlfsoft/manyo/lib64/* /opt/mlfsoft/manyo/lib $ cp /opt/mlfsoft/manyo/include/nexus/* /opt/mlfsoft/manyo/include/ ^^^^^^^^^^^^^^^^ matplotlib ^^^^^^^^^^^^^^^^ matplotlib は、epelのパッケージで存在するものの、wxPythonに対応していないことが判明した。よってソースコードをダウンロードする。 ダウンロード先：http://sourceforge.net/projects/matplotlib/files/matplotlib/ ファイル：matplotlib-1.2.0.tar.gz （一応、epelパッケージのバージョンに揃えておく） コンパイル手順 ^^^^^^^^^^^^^^^^ :: $ tar xzvf matplotlib-1.0.1.tar.gz $ cd matplotlib-1.0.1 $ python setup.py build $ su パスワード:xxxxx # python setup.py install # exit ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ wxPython, numpy, scipy, matplotlibの動作確認 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ :: $ python >>> import numpy >>> import scipy >>> import wx >>> from pylab import * >>> plot( [1,2,3] ) >>> show() 最後のコマンドで以下のような図が表示されればよい。 |image3| -------------------------- 空蟬インストール手順 -------------------------- 1. 万葉ライブラリ コアコード 2. 空蟬基本コード 3. 空蟬 装置専用コード 準備 --------- ^^^^^^^^^^^^^^ ソースコード ^^^^^^^^^^^^^^ ソースコードは、subversionやgithubなどで管理されているが、Ubuntu Linux版のインストールパッケージにまとまって入っているのでそれを利用する。 `空蟬ポータルサイト `_ の **ダウンロード** からUbuntuLinux用をダウンロードする。 これを展開した *src* ディレクトリにあるので、それを利用する。 :: $ tar xzvf Utsusemi_0.3.6_r1161_181018_Ubuntu_1404_1604LTS.tar.gz $ cd Utsusemi_0.3.6_r1161_181018_Ubuntu_1404_1604LTS $ ls src/ manyo-core/ manyo-SAS/ python-emaki/ python-utsusemi-DNA/ python-utsusemi-SIK/ environ-DNA/ manyo-DNA/ manyo-TKtools/ python-utsusemi/ python-utsusemi-HPN/ python-utsusemi-TKtools/ lib-levmar/ manyo-levmar/ manyo-utsusemi/ python-utsusemi-AMR/ python-utsusemi-SAS/ version.txt ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ C++コードのコンパイルスクリプト ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ C++のフォルダに入っているスクリプト（do_makeManyo.pyやdo_make_Utsusemi.py）を利用してインストールを行うのが簡単である。 書式とパラメータは以下のとおり。 :: $ python do_make_Manyo.py [